- Impactos por lanchas y motoras acuáticas(“Jet skis”) conducidas a gran velocidad.
- Contaminación de las aguas.
- Redes de pesca desechadas en el agua que le producen la muerte al ahogarse.
- Pérdida de hábitat al construir en las costas sin una debida planificación.
Todos estos factores , sumados a su lenta tasa reproductiva, han contribuido a que se haya incluido en las listas de especie en peligro de extinción. Por los pasados 10 años se han documentado en Puerto Rico hasta 12 manatíes muertos al año. Los gobiernos de Puerto Rico y de los Estados Unidos de América han amparado estas especies bajo leyes de protección. Estas leyes prohíben la caza y cualquier otra acción que ponga en peligro la supervivencia de un manatí. La infracción de estas leyes conlleva una penalidad máxima de $100,000 y hasta un año de cárcel.