Se puede encontrar al manatí en ambientes dulceacuícolas y marinos dentro del rango de distribución tropical y subtropical. Es común en estuarios, ríos, arroyos, lagos, lagunas y bahías, pudiendo pasar largos períodos en agua salada.
Debido a la forma en que está diseñado su cuerpo, el manatí no se adapta a la vida en aguas frías, su hábitat son las aguas tropicales, de hecho, no es capaz de sobrevivir en aguas con menos de 60 grados Fahrenheit. Las principales áreas donde vive son la Florida, África y el Amazonas. En los meses de invierno, estos migran en busca de aguas más cálidas, fundamentalmente hacia la costa de la Florida, en EE.UU.
Cualquier hábitat donde viva el manatí tiene que proveer algunas necesidades básicas, en primer lugar, el agua debe ser cálida y poco profunda, además de contar con abundantes plantas que le sirvan de alimento.
